Esta iglesia fue construida sobre la tumba de San Juan. La iglesia actualmente-visible es cruciforme y cubierta con seis cúpulas masivas, y fue donada por el emperador Justiniano y su esposa Teodora. Los capitales que hacen frente a la nave central llevan sus monogramas. La puerta de la persecución constituye una entrada a las murallas del castillo bizantino, y está decorada con los relieves que representan escenas de persecución de la vida del héroe griego Aquiles. Data probablemente del siglo VI o VII d. de J.-C.