Después de que las ruinas de Éfeso fueron mencionadas en los registros de viaje de los siglos 17 y 19, el Museo Británico en Londres empezó las investigaciones arqueológicas en Éfeso. El arquitecto John Turtle Wood dirigió las excavaciones entre los años 1863 y 1874 a fines de descubrir el Artemisión: en el día del Año Nuevo de 1869, Wood encontró las tablas de mármol del templo en una profundidad de 7 metros. Sin embargo, no se pudo descubrir los hallazgos esperados, de hecho, las excavaciones fueron interrumpidas en 1874, y las investigaciones inglesas en Éfeso se terminaron con las excavaciones bajo David G. Hogarth en los años 1904/05.
Gracias a Otto Benndorf, el Profesor de la Arqueología Clásica en la Universidad de Viena y el primer director del Instituto Arqueológico austriaco, Éfeso fuera un dominio de investigación para la ciencia austriaca; su iniciativa fue apoyada por los turcos y alemanes también. El principio de actividades fue asegurado por el donativo del emprendedor Karl Mautner Ritter von Markhof en abril de 1895. Una parte de los descubrimientos de las primeras excavaciones fueron a Viena y hoy son expuestos en el Museo de Éfeso del Museo de Kunsthistorisches. Desde el año 1906 todos los descubrimientos se quedaron en el país de origen, Turquía, y ellos son expuestos en el Museo de Éfeso en Selçuk.
Desde el nuevo año 1898, la autorización anual de la excavación publicada por el país de acogida es utilizada por el Instituto Arqueológico Austriaco con el objetivo de investigación topográfica, histórica y arquitectónica de la ciudad. Las interrupciones en 1909/10, 1914–1925 y 1936–1953 ocurrieron.
Otto Benndorf y Rudolf Heberdey, los primeros directores de las excavaciones, concentraron su investigación en la área entre el puerto y el ágora así como en el Artemisión. Josef Keil, que siguió en 1926, inició las excavaciones en los grandes gimnasios, en la cueva de los Siete Durmientes, Cementerio y la Basílica de Juan. Con la nueva iniciativa de excavaciones bajo la dirección de Franz Miltner en 1954, se efectuó las excavaciones no sólo en la zona de la Calle de Curetos y la ciudad Bizantina, pero también los monumentos como el templo de Adriano y la Basílica de San Juan fueron reconstruidos parcialmente otra vez. Bajo la dirección de Fritz Eichler un nuevo equipo de excavaciones fue formado en el año 1960, que también inició proyectos a largo plazo en las Casas de la Ladera y las zonas de Artemisión. A partir del 1969 su sucesor Hermann Vetters continuó las investigaciones de las Casa de la Ladera 1 y 2 consecuentemente; la Biblioteca de Celsos fue reconstruida durante su gestión. Las investigaciones bajo de la dirección de Stefan Karwiese y Gerhard Langmann en la topografía histórica fueron intensificadas y las excavaciones en el Ágora, en el Artemisión y el Teatro, en la Iglesia de la Virgen Maria y en la área del Estadio fueron logradas. Desde el año 1998 Friedrich Krinzinger dirige las actividades de investigación todavía .
Hoy, cuando se toma en cuenta de los objetivos modificados del conocimiento arqueológico, el punto más destacable en las excavaciones no es solo sacar a la luz las ruinas antiguas, pero también realizar las investigaciones y la publicación sistemática de varias eras de la historia de más de mil año de la metrópoli de Asia Menor. Además, la conservación y la restauración de los objetos encontrados y monumentos, y sobre todo la vigilancia científica de actividades de conservación de los monumentos son significativos en una región como Éfeso tan desarrollada turísticamente.
El presupuesto de las investigaciones consiste en las medidas de la República Austriaca, la Academia Austriaca de las Ciencias, Fondos del Desarrollo de las Investigaciones y Contribuciones Científicas de los Patrocinadores privados.
Desde que 1970 la Asociación de los Amigos de Éfeso es uno de los esponsores más grandes de las excavaciones austriacas.